分光化学センターの設置目的と、放射光表面化学、レーザー分光化学などの研究推進のため教授ポストが配分されたことから、本センターでの研究教育は化学専攻、特に物理化学講座４研究室と密接な関係を持って運営されてきた。しかし、スペクトル化学研究センターでは、これら先端研究機器開発と先進研究対象などの研究推進に加えて、分光化学センター当時からの汎用分析機器類の維持管理運用のミッションとの関係で、物理化学講座のみならず有機化学講座および無機・分析化学講座の各研究室とも密接な関係を持って運営されている。本センターでの研究教育は、発足当時から化学専攻の研究教育と深く関わり、同時に相補的な役割を担ってきた。そのため、歴代のセンター長は化学専攻教授が併任している。