合田研究室は、科学的探求において主導的な役割を果たし、世界に大きなインパクトを与えることに関心がある、意欲的な学生を常時募集しています。東京大学理学部化学科の学生はもちろん、学内および他大学と他学科（物理学、生物学、情報科学、数学、電気工学、機械工学、生体工学、化学工学など）の学生を歓迎します。合田研究室には多くの教員、研究員、学生が在籍しており、大学院生は合田教授からだけでなく、他メンバーからも直接アドバイスを受けながら研究を進めることが出来ます。また、定期的に合田教授と現場リーダーを含めた3人による進捗会議を行い、研究の方針や状況、問題点に関して話し合います。多くの大学院生にとって研究は初めてで分からないことも多いかと思いますが、上記のようなサポートにより、研究をスムーズに進められる体制を整えています。このようなサポート体制と学生の頑張りにより、過去には修士論文の内容が学術論文誌に採択された例も多々あります（実際にはほとんどの修士課程の学生が論文を出しています）。
合田研究室の大半の大学院生は、学内の経済的支援プログラムから旅費や生活費に使用可能な月額15~20万円の給与もしくは奨学金を受けています。新大学院生も同様の経済的支援プログラムに応募することが可能です。具体的には、変革を駆動する先端物理・数学プログラム（FoPM）、統合物質科学リーダー養成プログラム（MERIT）、博士後期課程学生支援グリーントランスフォーメーション（SPRING-GX）、大学院理学系研究科修士課程国際卓越大学院コース（GSGC）などの経済的支援プログラムがあります。
合田研究室の統計では、修士課程を修了した大学院生の約6割は博士課程に進学し、約1割は他国の大学院に留学し、約3割は企業に就職します。合田研究室出身の学生・研究者の多くは、アカデミアで活躍しています。2012~2022年の10年間で、合田研究室は4名の教授、6名の准教授、10名の助教を育成・輩出しています。留学先として、マサチューセッツ工科大学、スタンフォード大学、ハーバード大学、カリフォルニア大学バークレー校、カリフォルニア大学ロサンゼルス校、ケンブリッジ大学、ジョンズホプキンス大学、デューク大学、コロンビア大学、プリンストン大学、トロント大学などの大学院に、合田研究室の卒業生・インターンが進学しています。就職先として、キャノン、日立、パナソニック、NTT、デンソー、東芝、富士通などのメーカー系企業、ファイザー、ジョンソンエンドジョンソン、味の素などの化学系企業・製薬会社、デロイトトーマツ、アクセンチュア、アーサーディーリトルなどのコンサル企業に、合田研究室の卒業生・インターンが就職しています。
修士課程
修士課程では、対象を普遍的にとらえる理学的な思考法、未知の現象に迫る方法論、論理的で明晰な分析力などを身につけます。具体的には、広い視野に立って精深な学識を授け、専攻分野における研究能力又はこれに加えて高度の専門性が求められる職業を担うための卓越した能力を培うことを目的としています。新しい課題にチャレンジし、既成の概念にとらわれない新鮮な着想力で未踏の道を切り拓いていける人材を育成します。また、修士課程で獲得した高度な知識と研究能力を礎として、将来的に諸分野の第一線で国際的な活躍を目指す人材を育成します。詳しくは、こちらの募集要項をご確認ください。
博士課程
博士課程では、対象を普遍的にとらえる理学的な思考法、未知の現象に迫る方法論、論理的で明晰な分析力などを身につけます。具体的には、専攻分野について、研究者として自立して研究活動を行い、又はその他の高度に専門的な業務に従事するに必要な高度の研究能力及びその基礎となる豊かな学識を養うことを目的としています。新しい課題にチャレンジし、既成の概念にとらわれない新鮮な着想力で未踏の道を切り拓いていける人材を育成します。また、博士課程で獲得した高度な知識と研究能力を礎として、将来的に諸分野の第一線で国際的な活躍を目指す人材を育成します。詳しくは、こちらの募集要項をご確認ください。東京大学大学院理学系研究科化学専攻に進学し、合田研究室での研究に興味のある方は、その旨に関するメールを合田教授に送ってください。