加藤 敬行Takayuki Katoh

准教授

好きなこと・もの

音楽を聴くこと、ライブに行くこと

好きな場所

下北沢、幕張

もし大型連休がとれたら？

旅 (ウズベキスタンorイラン辺りへ)

研究がクライマックス時の脳内テーマソング

毎日変わりますが、今日は"American Honey"

菅研、見渡すと何をしている人が多い？

ディスカッション

菅研究室に入って良い意味でびっくりしたこと

研究がとてもシステマティックに行われていること。
イベントが多いこと。

研究へのモチベーションの源は？

研究自体が面白いから、というのが一番の理由だと思いますが、研究を通じての自己実現と社会貢献という目標があることだと思います。

未来の後輩にメッセージ

研究の水準が高いのはもちろんですが、楽しく充実した研究生活を送れることが菅研の魅力だと思います。

学歴・職歴

2004年3月:

東京大学大学院工学系研究科化学生命工学専攻 博士課程単位取得退学(工学博士)

2004年4月:

株式会社iGENE 主任研究員

2004年4月:

東京大学大学院工学系研究科化学生命工学専攻 客員研究員（兼任）

2005年10月:

社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム(NEDO 機能性RNAプロジェクト)研究員

2009年6月:

東京大学先端科学技術研究センター 助教

2010年4月:

東京大学理学系研究科化学専攻 助教

2014-2018年:

JST さきがけ研究員（兼任）

2018年9月:

現職

連絡先

• • 東京大学大学院理学系研究科化学専攻生物有機化学研究室　化学西館2208号室
  • E-mail…katoh@(@以下はchem.s.u-tokyo.ac.jp)
  • TEL…03-5841-4638
  • FAX…03-5841-8372

  発表論文

  "Flexizyme-catalyzed synthesis of 3'-aminoacyl-NH-tRNAs."

  T. Katoh; H. Suga

  Nucleic Acids Res, (2019)

  "Ribosomal Synthesis of Backbone-Cyclic Peptides Compatible with In Vitro Display."

  R. Takatsuji; K. Shinbara; T. Katoh; Y. Goto; T. Passioura; R. Yajima; Y. Komatsu; H. Suga

  J. Am. Chem. Soc., 141, 2279-2287 (2019)

  "Ribosomal incorporation of consecutive β-amino acids."

  Katoh, T., Suga, H.

  J. Am. Chem. Soc. in press (2018).

  "Thioether macrocyclic peptides selected against TET1 compact catalytic domain inhibit TET1 catalytic activity."

  Nishio, K., Belle, R., Katoh, T., Kawamura, A., Sengoku, T., Hanada, K., Ohsawa, N., Shirouzu, M., Yokoyama, S., Suga, H.

  Chembiochem, 19, 979-985 (2018).

  "Artificial division of codon boxes for expansion of the amino acid repertoire of ribosomal polypeptide synthesis."

  Iwane, Y., Katoh, T., Goto, Y., Suga, H.

  Methods Mol. Biol., 1728, 17-47 (2018).

  “Logical engineering of D-arm and T-stem of tRNA that enhances D-amino acid incorporation”

  Katoh, T., Iwane, Y., Suga, H.

  Nucleic Acids Res., 45, 12601-12610 (2017).

  "Efficient siRNA delivery by lipid nanoparticles modified with a nonstandard macrocyclic peptide for EpCAM-targeting."

  Sakurai, Y., Mizumura, W., Murata, M., Hada, T., Yamamoto, S., Ito, K., Iwasaki, K., Katoh, T., Goto, Y., Takagi, A., Kohara, M., Suga, H., Harashima, H.

  Mol. Pharm., 14, 3290-3298 (2017).

  "Amino acid substrates impose polyamine, eIF5A, or hypusine requirement for peptide synthesis."

  Shin, B.S., Katoh, T., Gutierrez, E., Kim, J.R., Suga, H., Dever, T.E.

  Nucleic Acids Res., 45, 8392-8402 (2017).

  "Highly selective inhibition of histone demethylases by de novo macrocyclic peptides."

  Kawamura, A., Münzel, M., Kojima, T., Yapp, C., Bhushan, B., Goto, Y., Tumber, A., Katoh, T., King, O.N., Passioura, T., Walport, L.J., Hatch, S.B., Madden, S., Müller, S., Brennan, P.E., Chowdhury, R., Hopkinson, R.J., Suga, H., Schofield, C.J.

  Nat. Commun., 8, 14773 (2017).

  "Consecutive elongation of D-amino acids in translation."

  Katoh, T., Tajima, K., Suga, H.

  Cell Chem. Biol., 24, 46-54 (2017).

  "A human microRNA precursor binding to folic acid discovered by small RNA transcriptomic SELEX."

  Terasaka, N., Futai, K., Katoh, T., Suga, H.

  RNA, 22, 1918-1928 (2016).

  "Essential structural elements in tRNA(Pro) for EF-P-mediated alleviation of translation stalling."

  Katoh, T., Wohlgemuth, I., Nagano, M., Rodnina, M.V., Suga, H.

  Nat. Commun., 7, 11657 (2016).

  "tRid, an enabling method to isolate previously inaccessible small RNA fractions."

  Futai, K., Terasaka, N., Katoh, T., Suga, H.

  Methods, 106, 105-11 (2016).

  "Expanding the amino acid repertoire of ribosomal polypeptide synthesis via the artificial division of codon boxes."

  Iwane, Y., Hitomi, A., Murakami, H., Katoh, T., Goto, Y., Suga, H.

  Nat. Chem., 8, 317-25 (2016).

  "A fluorescent imaging probe based on a macrocyclic scaffold that binds to cellular EpCAM."

  Iwasaki, K., Goto, Y., Katoh, T., Yamashita, T., Kaneko, S., Suga, H.

  J. Mol. Evol., 81, 210-7 (2015).

  "Destabilization of microRNAs in human cells by 3' deadenylation mediated by PARN and CUGBP1."

  Katoh, T., Hojo, H., Suzuki, T.

  Nucleic Acids Res., 43, 7521-7534 (2015).

  "An engineered ribosome-tRNAs pair functions orthogonally to the wildtype under an artificially programmed genetic code."

  Terasaka, N., Hayashi, G., Katoh, T., Suga, H.

  Nat. Chem. Biol., 10, 555-7 (2014).

  "A macrocyclic peptide that serves as a cocrystallization ligand and inhibits the function of a MATE family transporter."

  Hipolito, C.J., Tanaka, Y., Katoh, T., Nureki, O., Suga, H.

  Molecules, 18, 10514-30 (2013).

  "Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter."

  Tanaka, Y., Hipolito, C.J., Maturana, A.D., Ito, K., Kuroda, T., Higuchi, T., Katoh, T., Kato, H.E., Hattori, M., Kumazaki, K., Tsukazaki, T., Ishitani, R., Suga, H., Nureki, O.

  Nature, 496, 247-51 (2013).

  “In Vitro Selection of Cyclic Peptides for Cocrystallization with a Multidrug and Toxic compound Extrusion Protein”

  Hipolito, C.J., Tanaka, Y., Katoh, T., Nureki, O., Suga, H.

  Biopolymers, 100, 238-239 (2013).

  "Selective thioether macrocyclization of peptides having the N-terminal 2-chloroacetyl group and competing two or three cysteine residues in translation."

  Iwasaki, K., Goto, Y., Katoh, T., Suga, H.

  Org. Biomol. Chem., 10, 5783-6 (2012).

  "Charging of tRNAs using ribozymes and selection of cyclic peptides containing thioethers."

  Reid, P.C., Goto, Y., Katoh, T., Suga, H.

  Methods Mol. Biol., 805, 335-48 (2012).

  "Natural product-like macrocyclic N-methyl-peptide inhibitors against a ubiquitin ligase uncovered from a ribosome-expressed de novo library."

  Yamagishi, Y., Shoji, I., Miyagawa, S., Kawakami, T., Katoh, T., Goto, Y., Suga, H.

  Chem. Biol., 18, 1562-1570 (2011).

  "Flexizymes for genetic code reprogramming."

  Goto, Y., Katoh, T., Suga, H.

  Nat. Protoc., 6, 779-90 (2011).

  "Actin-binding protein ABP140 is a methyltransferase for 3-methylcytidine at position 32 of tRNAs in Saccharomyces cerevisiae."

  Noma, A., Yi, S., Katoh, T., Takai, Y., Suzuki, T., Suzuki, T.

  RNA, 17, 1111-9 (2011).

  "Synthetic human cell fate regulation by protein-driven RNA switches."

  Saito, H., Fujita, Y., Kashida, S., Hayashi, K., Katoh, T., Inoue, T.

  Nat. Commun., 2, 160 (2011).

  “Biogenesis of glutaminyl-mt tRNAGln in human mitochondria”

  Nagao, A., Suzuki, T., Katoh, T., Sakaguchi, Y., Suzuki, T.

  Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 106, 16209-16214 (2009).

  "Selective stabilization of mammalian microRNAs by 3’-adenylation mediated by the cytoplasmic poly(A) polymerase GLD-2"

  Katoh, T., Sakaguchi, Y., Miyauchi, K., Suzuki, T., Kashiwabara, S., Baba, T., Suzuki, T.

  Genes Dev., 23, 433-438 (2009).

  "Specific residues at every third position of siRNA shape its efficient RNAi activity"

  Katoh, T., Suzuki, T.

  Nucleic Acids Res., 35, e27 (2007).

  "Human mitochondrial mRNAs are stabilized with polyadenylation regulated by mitochondria-specific poly(A) polymerase and polynucleotide phosphorylase"

  Nagaike, T., Suzuki, T., Katoh, T., Ueda, T.

  J. Biol. Chem., 280, 19721-19727 (2005).

  "Simple and rapid synthesis of siRNA derived from in vitro transcribed shRNA"

  Katoh, T., Susa, M., Suzuki, T., Umeda, N., Watanabe, K., Suzuki, T.

  Nucleic Acids Res. Suppl., 3, 249-250 (2003).

  日本語総説・著書他

  "Engineering translation components improve incorporation of exotic amino acids."

  T. Katoh; H. Suga

  Int J Mol Sci, 20, 522 (2019)

  "In vitro expression of genetically encoded non-standard peptides consisting of exotic amino acid building blocks."

  H. Hirose; C. Tsiamantas; T. Katoh; H. Suga

  Curr Opin Biotechnol, 58, 28-36 (2018)

  "Genetic code expansion via integration of redundant amino acid assignment by finely tuning tRNA pools."

  Tajima, K., Katoh, T., Suga, H.

  Curr. Opin. Chem. Biol., in press (2018)

  "Advances in in vitro genetic code reprogramming in 2014–2017."

  Katoh, T., Passioura, T., Suga, H.

  Synth. Biol., in press (2018)

  "Biological synthesis and affinity-based selection of small macrocyclic peptide ligands"

  Passioura, T., Goto, Y., Katoh, T., Suga, H.

  Cyclic Peptides: From Bioorganic Synthesis to Applications, 225-254 (2017).

  "tRNA engineering for manipulating genetic code."

  Katoh, T., Iwane, Y., Suga, H.

  RNA Biol. 19, 1-8 (2017).

  "Selection-Based Discovery of Druglike Macrocyclic Peptides."

  Passioura, T., Katoh, T., Goto, Y., Suga, H.

  Annu. Rev. Biochem., 83, 727-52 (2014).

  "In vitro synthetic biology of the genetic code: its development and applications."

  Suga, H., Hipolito, C.J., Goto, Y., Katoh, T., Bashiruddin, N.

  Synth. Biol., 1, 126-63 (2014).

  "Ribosomal synthesis of backbone macrocyclic peptides."

  Katoh, T., Goto, Y., Reza, M.S., Suga, H.

  Chem. Commun., 47, 9946-58 (2011).

  「遺伝暗号リプログラミングを用いた特殊ペプチド翻訳合成と高速探索技術」

  木村寛之, 加藤敬行, 菅裕明

  中分子創薬に資するペプチド・核酸・糖鎖の合成技術, 第８章 (2018)

  「RNAワールドの実験的検証」

  岩根由彦, 高辻諒, 加藤敬行, 菅裕明

  進化分子工学, 49-60 (2014).

  「ペプチド創薬」

  加藤敬行, 菅裕明

  新しい薬学事典 (2012).

  「翻訳系リモデリング」

  加藤敬行, 後藤佑樹, 菅裕明

  生命システム工学, 71-100 (2012).

  「遺伝暗号のリプログラミングを用いた特殊ペプチド創薬」

  山口淳, 加藤敬行, 菅 裕明

  Drug Delivery System, 26, 584-592 (2011).

  「細胞質に局在するGLD-2による3'末端アデニル化とmiRNAの選択的安定化機構」

  加藤敬行, 鈴木勉

  実験医学，Vol.27, No.11, 1746-1750 (2009).

  「核酸アナログとsiRNAの配列設計」

  加藤敬行, 宮内健常, 鈴木勉

  「核酸医薬の最前線」(2009).

  「有効なsiRNAのデザインと細胞への導入」

  加藤敬行, 鈴木勉

  「RNA実験ノート・下」（小分子RNAの解析からRNAiへの応用まで）, 99-102 (2008).

  「RNAiにおけるsiRNAの合理的配列設計法」

  鈴木勉, 加藤敬行

  「RNAi法とアンチセンス法―RNAの科学と応用」(2005).

  ヘアピン型RNAを介した新規転写合成siRNAの開発」

  鈴木勉, 加藤敬行

  「最新医学」, 第59巻, 第8号, 12-19 (2004).

  RNAi活性予測アルゴリズムを用いた高効率siRNAの設計」

  加藤敬行, 鈴木勉

  「最新医学」, 第59巻, 第8号, 20-25 (2004).

  「in vitro転写反応による新規siRNA合成法とRNAi活性予測アルゴリズムの開発」

  鈴木勉, 加藤敬行

  「改訂　RNAi実験プロトコール」, 195-207 (2004).