吉村 英哲(よしむら ひであき)

E-mail
hideaki[at]chem.s.u-tokyo.ac.jp
略歴
平成13年
京都大学工学部工業化学科卒業
平成15年
京都大学大学院工学研究科分子工学専攻修士課程修了
平成19年
総合研究大学院大学物理科学研究科
構造分子化学専攻博士後期課程修了
博士(理学)取得
平成19年
京都大学再生医科学研究所 博士研究員
平成21年
東京大学大学院理学系研究科化学専攻 特任助教
平成27年
東京大学大学院理学系研究科化学専攻 助教
受賞等
2016
ISPAC2016 Lecture Award (International Symposium on Pure and Applied Chemistry, Kuching, Malaysia)
2015
RSC Best Presentation Award (Royal Society of Chemistry Tokyo International Conference 2015)
2012
日本化学会 第92回春季年会 優秀講演賞(学術)
2006
日本化学会 第86回春季年会 学生講演賞
専門
  • 生体分析化学・生物物理学・生体分子科学
主な研究テーマ
  • 生細胞内分子の動態解析と操作を通じた生命現象作動機構の解明
  • 主なターゲット:シグナル伝達、mRNA、機能性RNA
研究キーワード
  • 1分子イメージング
  • 光学顕微鏡
  • ライブイメージング
  • 蛍光プローブ
  • 生物発光
  • 分子設計
  • 分子操作
  • RNA
  • シグナル伝達
  • 生体分子集合体
Peer-Reviewd Papers
  • G. Ado, N. Noda, H. T. Vu, A. D. Mahapatra, K. P. Arista, H. Yoshimura, D. M. Packwood, F. Ishidate, S. Sato, T. Ozawa and M. Uesugi,
    Discovery of a phase-separating small molecule that selectively sequesters tubulin in cells.
    Chem. Sci., in press. DOI: 10.1039/D1SC07151C
  • Triple-color single-molecule imaging for analysis of the role of receptor oligomers in signal transduction.
    H. Yoshimura*
    * corresponding author
    Biophys. Physicobiol., in press.
  • A Series of Furimazine Derivatives for Sustained Live-cell Bioluminescence Imaging and Application to the Monitoring of Myogenesis at Single-cell Level.
    Mariko Orioka, Masatoshi Eguchi, Yuki Mizui, Yuma Ikeda Akihiro Sakama, Qiaojing Li, Hideaki Yoshimura*, Takeaki Ozawa, Daniel Citterio, Yuki Hiruta*
    *co-corresponding author
    Bioconjugate Chem., in press. DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.2c00035
  • Long-term single cell bioluminescence imaging with C-3 position protected coelenterazine analogues.
    Y. Mizui, M. Eguchi, M. Tanaka, Y. Ikeda, H. Yoshimura*, T. Ozawa, D. Citterio, Y. Hiruta*
    * corresponding author
    Org. Biomol. Chem., 19, 579-586 (2021). DOI: 10.1039/d0ob02020f
  • Potential of Single-Molecule Live-Cell Imaging for Chemical Translational Biology.
    H Yoshimura*
    * corresponding author
    ChemBioChem, 22, 2941-2945 (2021). DOI: 10.1002/cbic.202100258
  • Signaling activations through G-protein-coupled-receptor aggragations.
    M. Watabe, H. Yoshimura, S. N. V. Arjunan, K. Kaizu, K. Takahashi
    Phys. Rev. E, 102, 032413 (2020). DOI:10.1103/PhysRevE.102.032413
  • Synergetic roles of Formyl Peptide Receptor 1 oligomerization in ligand-induced signal transduction.
    T. Nishiguchi, H. Yoshimura, R.S. Kasai, T. K. Fujiwara, T. Ozawa
    ACS Chem. Biol., 15, 2577-2587 (2020). DOI: 10.1021/acschembio.0c00631
  • Photocleavable Cadherin Inhibits Cell-to-Cell Mechanotransduction by Light.
    M. Endo, T. Iwawaki, H. Yoshimura, and T. Ozawa
    ACS Chem. Biol., 14, 2206-2214 (2019). DOI: 10.1021/acschembio.9b00460
  • A Robust Split-Luciferase-Based Cell Fusion Screening for Discovering Myogenesis-Promoting Molecules
    Q. Li, H. Yoshimura, M. Komiya, K. Tajiri, M. Uesugi, Y. Hata, T. Ozawa
    Analyst, 143, 3472-3480 (2018). DOI: 10.1039/C8AN00285A
  • Unique Roles of β-Arrestin in GPCR Trafficking Revealed by Photoinducible Dimerizers.
    O. Takenouchi, H. Yoshimura, T. Ozawa
    Sci. Rep., 8, 677 (2018). DOI: 10.1038/s41598-017-19130-y
  • Protein dynamics of the oxygen sensor protein HemAT as revealed by time-resolved step-scan FTIR spectroscopy.
    A. Pavlou, H. Yoshimura, S. Aono, E. Pinakoulaki
    Biophys. J., 114, 584-591 (2018). DOI: 10.1016/j.bpj.2017.12.012
  • Live Cell Imaging of Endogenous RNAs Using Pumilio Homology Domain Mutants: Principles and Applications.
    H. Yoshimura*
    *corresponding author
    Biochemistry, 57, 200-208 (2018). DOI: 10.1021/acs.biochem.7b00983
  • Real-time fluorescence imaging of single-molecule endogenous non-coding
    RNA in living cells.
    H. Yoshimura and T. Ozawa,
    Methods Mol. Biol., 1649, 337-347 (2018).DOI: 10.1007/978-1-4939-7213-5_22
  • Probing the role of the heme distal and proximal environment in ligand dynamics in the signal transducer protein HemAT by time-resolved step-scan FTIR and resonance Raman spectroscopy.
    A. Pavlou, A. Loullis, H. Yoshimura, S. Aono, E. Pinakoulaki,
    Biochemistry, 56, 5309-5317 (2017). DOI: 10.1021/acs.biochem.7b00558
  • Spatiotemporal analysis with a genetically encoded fluorescent RNA probe reveals TERRA function around telomeres.
    T. Yamada, H. Yoshimura, R. Shimada, M. Hattori, M. Eguchi, T. K. Fujiwara, A. Kusumi, T. Ozawa,
    Sci. Rep. 6, 38910 (2016). DOI: 10.1038/srep38910
  • Monitoring of RNA dynamics in living cells using PUM-HD and fluorescent protein reconstitution technique.
    H. Yoshimura and T. Ozawa,
    Methods Enzymol., 572, 65-85 (2016). DOI: 10.1016/bs.mie.2016.03.018
  • Genetically Encoded Fluorescent Probe for Imaging Apoptosis in Vivo with Spontaneous GFP Complementation.
    Y. Nasu, Y. Asaoka, M. Namae, H. Nishina, H. Yoshimura, T. Ozawa,
    Anal. Chem.
    , 88, 838-844 (2016). DOI: 10.1021/acs.analchem.5b03367
  • Development of red-shifted mutants derived from luciferase of Brazilian click beetle Pyrearinus termitilluminans
    T. Nishiguchi, T. Yamada, Y. Nasu, M. Ito, H. Yoshimura, T. Ozawa
    J. Biomed. Opt.,20, 101205 (2015).DOI: 10.1117/1.jbo.20.10.101205
  • Simultaneous time-lamination imaging of protein association using a split fluorescent timer protein.
    A. Takamura, M Hattori, H. Yoshimura, T Ozawa
    Anal. Chem., 87, 3366-3372 (2015). DOI: 10.1021/ac504583t
  • Method of split-reporter reconstitution for the analysis of biomolecules
    H. Yoshimura, T. Ozawa
    Chem. Rec, 14, 492-501 (2014). DOI: 10.1002/tcr.201402001
  • Bioluminescent Probes to Analyze Ligand-induced Phosphatidylinositol
    3,4,5-trisphosphate Production with Split Luciferase Complementation
    L.Z. Yang, Y. Nasu, M. Hattori, H. Yoshimura, A. Kanno, T. Ozawa,
    Anal. Chem., 85, 11352-11359 (2013). DOI: 10.1021/ac402278f
  • Advances in fluorescence and bioluminescence imaging
    T. Ozawa, H. Yoshimura and S.B. Kim,
    Anal. Chem.,85, 590-609 (2013). DOI: 10.1021/ac3031724
  • Fluorescent probes for imaging endogenous β-actin mRNA in living cells using fluorescent protein-tagged pumilio.
    H. Yoshimura, A. Inaguma, T. Yamada and T. Ozawa
    ACS Chem. Biol.7, 999-1005 (2012). DOI: 10.1021/cb200474a
  • Visualization of non-engineered single mRNAs in living cells using genetically encoded fluorescent probes.
    T. Yamada, H. Yoshimura, A. Inaguma and T. Ozawa,
    Anal. Chem., 83, 5708-5714 (2011). DOI: 10.1021/ac2009405
  • ※上記2報はNature Methods誌の解説記事 "RNA imaging in situ" (Technology Feature; Nat. Methods, 9 787-790 (2012))にて紹介された。

  • Hydrogen bonding interaction on the heme-bound ligand in the heme-based O2 sensor protein,
    M. Nishimura, H. Yoshimura, K. Ozawa, S. Yoshioka, M. Kubo, T. Kitagawa and S. Aono,
    JPorphyrins Phthalocyanines12, 142-148 (2008). DOI: 10.1142/S1088424608000182

  • Protein conformation changes of HemAT-Bs upon ligand binding probed by ultraviolet resonance Raman spectroscopy.
    S. F. EI-Mashtoly, Y. Gu, H. Yoshimura, S. Yoshioka, S. Aono, T. Kitagawa,
    JBiolChem., 283, 6942-6946 (2008). DOI: 10.1074/jbc.M709209200

  • The signal transduction mechanism of HemAT-Bs through the proximal heme pocket revealed by time-resolved resonance Raman spectroscopy.
    H. Yoshimura, S. Yoshioka, Y. Mizutani and S. Aono,
    BiochemBiophysResCommun., 307, 1053-1057 (2007). DOI: 10.1016/j.bbrc.2007.04.041

  • Two ligand binding sites in the O2-sensing signal transducer HemAT: implications for ligand recognition/discrimination and signaling,
    E. Pinakoulaki, H. Yoshimura, V. Daskalakis, S. Yoshioka, S. Aono and C. Varotsis,
    ProcNatlAcadSciUSA103, 14796-14801 (2006). DOI: 10.1073/pnas.0604248103

  • Specific hydrogen-bonding networks responsible for selective O2 sensing of the oxygen sensor protein HemAT from Bacillus subtilis,
    H. Yoshimura, S. Yoshioka, K. Kobayashi, T. Ohta, T. Uchida, M. Kubo, T. Kitagawa and S. Aono,
    Biochemistry45, 8301-8307 (2006). DOI: 10.1021/bi060315c

  • Recognition and discrimination of gases by the oxygen-sensing signal transducer protein HemAT as revealed by FTIR spectroscopy,
    E. Pinakoulaki, H. Yoshimura, S. Yoshioka, S. Aono and C. Varotsis,
    Biochemistry45, 7763-7766 (2006). DOI: 10.1021/bi0604072

  • Non-covalent modification of the heme-pocket of apomyoglobin by a 1,10-phenanthroline derivative,
    Y. Hitomi, H. Mukai, H. Yoshimura, T. Tanaka and T. Funabiki,
    BioorgMedChemLett., 16, 248-251 (2006). DOI: 10.1016/j.bmcl.2005.10.016

  • Biophysical properties of a c-type heme in chemotaxis signal transducer protein DcrA,
    S. Yoshioka, K. Kobayashi, H. Yoshimura, T. Uchida, T. Kitagawa and S. Aono,
    Biochemistry, 44, 15406.-15413 (2005). DOI: 10.1021/bi0513352

  • Oxygen-sensing mechanism of HemAT from Bacillus subtilis: a resonance Raman spectroscopic study,
    T. Ohta, H. Yoshimura, S. Yoshioka, S. Aono and Teizo Kitagawa,
    JAmChemSoc., 126, 15000-15001 (2004). DOI: 10.1021/ja046896f
著書・総説・解説
  • Optical monitoring of single molecule dynamics of RNA in living cells
    Hideaki Yoshimura*, Takeaki Ozawa
    * corresponding author
    Springer Series in Chemical Physics,"Progress in Photon Science", 95-106 (2021)
  • 蛍光イメージング分光法(FRET, FCS, FCCS):生細胞への応用
    吉村英哲
    日本分光学会監修 『紫外可視・蛍光分光法』(講談社サイエンティフィク刊) 第3章, (2021)
  • 蛍光プローブに用いられる色素の一覧
    Hideaki Yoshimura*, Takeaki Ozawa
    日本分光学会監修 『紫外可視・蛍光分光法』(講談社サイエンティフィク刊) 付録, (2021)
  • 細胞膜受容体の集合とシグナル伝達の3色同時蛍光1分子イメージングによる解析
    吉村英哲
    *corresponding author
    生物物理, 61(4), 245-247 (2021). DOI: 10.2142/biophys.61.245
  • A Split-Luciferase-Based Cell Fusion Assay for Evaluating the Myogenesis-Promoting Effects of Bioactive Molecules
    Q. Li, H Yoshimura*, T. Ozawa
    * corresponding author
    Methods in Mol. Biol., 2274, 79-87 (2021). DOI: 10.1007/978-1-0716-1258-3_8
  • Quantitative Analysis of Membrane Receptor Trafficking Manipulated by Optogenetic Tools
    O. Takenouchi, H Yoshimura*, T. Ozawa
    * corresponding author
    Methods in Mol. Biol., 2274, 15-23 (2021). DOI: 10.1007/978-1-0716-1258-3_2
  • 二分割ルシフェラーゼ再構成法による発光プローブ
    吉村英哲、小澤岳昌
    実験医学別冊「発光イメージング実験ガイド」(羊土社刊)プロトコール編 II-4 p62-70, 2019
  • 細胞膜は二次元流体の夢を見るか?
    吉村英哲
    月刊「化学」(化学同人社刊), Vol 74, No. 5, pp70-71,2019
  • Optical Control of G Protein-Coupled Receptor Activated in Living Cells
    Hideaki Yoshimura, Takeaki Ozawa
    Springer Series in Chemical Physics,"Progress in Photon Science: Recent Advances", Chapter 7, pp.129-138, Springer (2018). DOI: 10.1007/978-3-030-05974-3_7
  • 生命分子の機能を超えるための解析化学
    吉村英哲、小澤岳昌
    CSJ Current Review 30 生命機能に迫る分子科学:生命分子を真似る、飾る、超える(化学同人社刊)第2章 p28-33, 2018
  • 蛍光顕微鏡を用いた生細胞内1分子可視化解析法
    吉村英哲、小澤岳昌
    ナノバイオ・メディシン 細胞核内反応とゲノム編集(近代科学社刊)第2章 p32-45, 2017
  • RNAと生細胞内1分子イメージングの可能性
    吉村英哲
    Labcab p19-20, Vol.12 No.1 2015
  • 蛍光顕微鏡を用いた生細胞内1分子可視化解析法
    吉村英哲、小澤岳昌
    The Bulletin of the Society of Nano Science and Technology (ナノ学会会報)
    第13巻 第2号 2015年3月,pp61-65
    ISSN 1347-8028
  • 生細胞内RNAイメージング
    吉村英哲、小澤岳昌
    細胞工学 (秀潤社) Vol.34, No.1, pp53-58, 2015
  • RNAイメージング
    吉村英哲
    東京大学理学系研究科・理学部ニュース 連載:理学のキーワード
    Vol.44, No.5, pp12-13, 2013
招待講演・依頼講演
  • "Oligomer Formation and Signal Transduction of GPCR -A Single-Molecule Live Imaging Study"
    14th International Symposium on Nanomedicine, Taiwan-Japan-Korea Nanomedicine Meeting (2021年11月19日 online)
  • "蛍光イメージング分光法 − 生細胞への応用と蛍光ライブイメージング"
    光とレーザーの科学技術フェア2021 (2020年11月17日 東京都立産業貿易センター浜松町館)
  • "生命の仕組みを解明する蛍光分析 -生きたままの細胞を対象に-"
    光とレーザーの科学技術フェア2020 (2020年11月11日 東京都立産業貿易センター浜松町館)
  • "The roles of receptor oligomerization for signal transduction - A study through single-molecule live-cell imaging-"
    13th International Symposium on Nanomedicine (2019年12月5日 甲南大学ポートアイランドキャンパス)
  • "分子動態からメカニズムを探る -生細胞1分子イメージングを用いたアプローチ-"
    第11回光塾 (2019年11月13日 理化学研究所神戸キャンパス)
  • "Novel optical techniques to explore biological function in single cells"
    The 4th STEPS Symposium on Photon Science (2019年3月21日 東京大学本郷キャンパス)
  • "分子動態解析による細胞内分子作動機構の解明-生細胞1分子イメージングによるアプローチ-"
    第95回創薬科学セミナー (2019年2月22日 名古屋大学)
  • "A single molecule imaging approach to understand signal transduction on the plasma membrane in living cells"
    12th International Symposium on Nanomedicine (2018年12月7日 山口大学小串キャンパス)
  • "Simultaneous single molecule observation of telomeric-repeat containing RNA and proteins in living cells"
    CMCB2017 (2017年4月26日 Hilton Xi'an, China)
  • "Simultaneous single molecule imaging of non-coding RNA and proteins in living cells"
    AnalytiX 2017 (2017年3月24日 福岡)
  • "Single molecule imaging in living cells to reveal the relationship between motions and functions of biological molecules"
    10th International Symposium on Nanomedicine(2016年11月24日 産業技術総合研究所)
  • "Single molecule imaging approach to reveal molecular motions and functions in cellular events"
    1st Nano/Bioscience International Syposium (2016年10月7日 同志社大学)
  • "Tailor-made design of protein-based probes to visualize and analyze single-molecule motion of RNAs in living cells "
    International Symposium on Pure and Applied Chemistry 2016 (ISPAC2016)
    (2016年8月16日 Borneo Convention Center Kuching, Malaysia)
  • "Analysis of distribution and motion of a non-coding RNA in living cells using a single molecule tracking approach"
    The 5th Serendipiter seminar (JST-ImPACT program)
    (2016年7月26日 東京大学)
  • "Single molecule imaging of telomeric-repeat containing RNA in living cells"
    9th International Symposium on Nanomedicine(2015年12月12日 三重大学)
  • "Single molecule imaging to reveal mechanisms of complex cellular systems"
    NTU-SNU-UT Chemistry Symposium(2015年1月16日 National Taiwan University)
  • "Single molecule imaging in living cells to reveal the relationship between motions and functions of biological molecules"
    8th International Symposium on Nanomedicine(2014年12月6日 愛媛大学)
  • "A study of a molecular mechanism of intracellular signal transduction based on single-molecule imaging"
    The 2nd Japan-China Symposium on Nanomedicine(2014年5月17日 広島大学霞キャンパス)
  • "Analysis of RNA dynamics in living cells based on single molecule imaging"
    7th International Symposium on Nanomedicine(2013年11月9日 九州工業大学)
  • "Visualization of molecular motion in living cells using a single molecule imaging method"
    錯体化学会第63回討論会(2013年11月3日 琉球大学千原キャンパス)

アウトリーチ活動・委員等
競争的研究費獲得状況
科学研究費補助金
  • 挑戦的研究(開拓) (代表)
    「遺伝子発現の時空間可視化追跡を生体試料を生かしたまま実現する技術群の創出」
    2020年7月-2023年3月(継続中)
    総額26,000千円 (直接経費20,000千円)
  • 基盤研究(B) (代表)
    「RNA可視化法と発光イメージング法に基づく生細胞遺伝子発現時空間解析法の創出」
    2019年4月-2022年3月(継続中)
  • 総額17,680千円 (直接経費13,600千円)
  • 新学術領域研究(研究領域提案型) (分担:代表者 永井健治)
    「シンギュラリティ細胞を探索・操作するための細胞機能3次元可視か・光操作技術の開発」
    2019年6月-2023年3月(継続中)
    総額33,540千円 (直接経費25,800千円)
  • 基盤研究(B) (代表)
    「生細胞内RNA動態の包括的可視化分析技術の創発」
    2016年4月-2019年3月
    総額18,070千円 (直接経費13,900千円)
  • 挑戦的萌芽研究 (代表)
    「1分子レベルでの生細胞内RNAリアルタイム計数プローブの開発」
    2014年4月-2016年3月
    総額4,030千円 (直接経費3,100千円)
  • 若手研究(A) (代表)
    「生細胞内RNAの可視化と制御を実現する革新的技術の創出」
    2013年4月-2016年3月
    総額26,260千円 (直接経費20,200千円)
  • 若手研究(B) (代表)
    「受容体クラスター形成の光制御による細胞への人工的生態シグナル入力法の開発」
    2011年4月-2013年3月
    総額4,680千円 (直接経費3,600千円)
科研費以外の研究費
  • 旭硝子財団 若手継続グラント (代表)
    「多細胞サンプル内における遺伝子発現1細胞長時間定量追跡法の開発」
    2019年4月-2022年3月
    総額6,000千円 (直接経費6,000千円)
  • 2019年度 物質・デバイス領域共同研究拠点 基盤共同研究課題 (代表)
    「生物発光イメージングによる生細胞内遺伝子発現可視化追跡法の創出」
    2019年4月-2020年3月
    総額100千円 (直接経費100千円)
  • 山田科学振興財団 研究助成 (代表)
    「1分子動態検出に基づく細胞内シグナル伝達量測定法の開発」
    2018年10月-2020年3月
    総額2,000千円 (直接経費2,000千円)
  • 平成30年トヨタ理研スカラー (代表)
    「mRNA機能の生細胞内空間特異的操作法の創出」
    2018年4月-2019年3月
    総額1,000千円 (直接経費1,000千円)
  • 内藤記念科学振興財団 内藤記念特定研究助成金 (代表)
    「機能性RNA TERRAの生細胞内1分子イメージングによる機能発現機構の解明」
    2017年12月-
    総額500千円 (直接経費500千円)
  • 旭硝子財団 研究奨励(代表)
    「1細胞内RNA定量経時追跡法の開発」
    2016年4月-2018年3月
    総額2,000千円 (直接経費2,000千円)
  • 住友財団 基礎科学研究助成(代表)
    「非翻訳性RNAによるテロメア長調節機構の解明−生細胞内1分子動態解析による研究」
    2015年11月-2017年11月
    総額1,800千円 (直接経費1,800千円)
  • 日本科学協会 笹川科学研究助成 (代表)
    「生細胞内RNAのリアルタイム計数および1分子動態追跡法の開発」
    2014年4月-2015年2月
    総額800千円 (直接経費800千円)
  • 平成22年度GCOE若手助成補助金 (代表)
    「光制御を利用した空間勾配のある生体シグナル細胞への導入法の開発」
    2010年8月-2011年4月
    総額800千円 (直接経費800千円)